1946년 1월 20일에 이북의 기독교 전국 단체인 '오도연합회'는 김일성의 공산 정부 수립이 점차 구체화되자, 이에 대항하기 위해 다음과 같은 5개 조항의 행정 원칙과 신앙생활의 규범을 정하는 결의문을 택하고 이를 공산 정권에 통고하였다. 결의문은 다음과 같다.
-성수 주일을 생명으로 하는 교회는 주일에 예배 이외의 여하한 행사에도 참가하지 않는다.
-정치와 종교는 엄격히 구분한다.
-교회당의 신성을 확보하는 것은 당연한 의무요 권리이다. 예배당은 예배 이외에는 사용을 금지한다.
-현직 교역자로서 정치계에 종사할 경우에는 교직을 사면해야 한다.
-교회는 신앙과 집회의 자유를 확보한다.
김일성 공산 정권은 1946년 '조선기독교도연맹'을 조직하여 '오도연합노회'에 대항케 하고, 아울러 기독교의 내분을 꾀하는 정치적인 괴뢰기관으로 삼았다. 김일성의 비서요 인민위워회의 중요 간부로 있던 강양욱 목사는 이 연맹의 산파 역할을 하였다. 그는 중국 산동성 선교사로 있던 박상순 목사를 회유하여 위원장으로 삼았다. 이북의 교회 오도연합회가 김일성 공산 정권에 대한 저항을 구체화하자 본격적인 종교활동의 핍박과 방해 공작이 노골화 되었다. 강양욱 목사는 조선기독교도연맹'을 통해 다음과 같은 지지 성명을 발표했다.
-우리는 김일성 정권을 절대 지지한다.
-우리들은 이남 정권을 인정하지 않는다.
-교회는 민중의 지도자가 되는 것을 공약한다.
-그러므로 교회는 선거에 솔선 참여한다.
'조선기독교도연맹'이 공산당의 지지를 얻으면서 활기를 띠게 되었다. 그러자 자신들의 힘을 더욱 과시하기 위해 4개의 강령을 발표하였다.
첫째, 기독교의 박애적 원칙에 기초하여 인민의 애국열을 환기하며 조선의 완전 독립을 위하여 건국 사업에 이리 협력할 것.
둘째, 민주 조선 건국에 해독인 죄악과 항쟁하고 도의 건설을 위하여 분투할 것.
셋째, 언론, 출판, 집회, 결사의 선교의 자유를 보장하기 위하여 전력할 것.
넷째, 기독교의 발전을 위하여 매진할 것.
1946년 2월 8일에는 김일성을 위원장으로 하는 '북조선임시인민위원회'가 구성되어 사실상 정부의 구실을 하였다. 그 후 무상 분배 토지개혁 단행과 국유화 등의 개혁을 하고 공산주의 지배 체제를 확고히하였다. 1948년 8월에 최고인민회의의 대의원 선거가 실시되었으며 1948년 8월에 수상을 김일성으로 하고 부수상을 박헌영으로 선출하여 1948년 9월9일 사회주의헌법인 조선민주주의인민공화국 헌법을 채택함으로 이북 지역에는 공산국가가 수립되었다.
이같이 공산 정권의 수립 후 교회를 친공산 정권의 어용 종교 단체로 만들기 위해 폭력적인 방법으로 그 지역의 교회들을 장악해갔다. 또한 '오도연합노회'의 많은 지도자들을 검거, 투옥하는 등의 핍박이 가해졌다. 그러나 김일성의 공산정권 수립에 협력하고 동조하는 기독교 지도자들에게는 교역자로서 활동과 교회 조직의 권한을 부여하였지만, 반대하는 목사들은 투옥과 고문과 처형으로 제거하였다. 특히 '조선기독교도연맹'에 가입하지 않은 목회자는 오지로 추방되거나 인민재판을 받아야 했다. 이 재판은 인민재판으로 여론 재판이기에 목회자들과 평신도들은 살아남지 못했다. 당시에 북한 교회를 실질적으로 이끌고 왔던 김화식 목사를 비롯하여 김인준, 이정심, 김철훈, 이유택 등 많은 목사들이 순교를 당하였다.
한편 평양의 두 개의 신학교인 장로교 평양신학교와 감리교의 성화신학교를 공산 정권은 통합을 하여 '그리스도신학교'로 재편성하였으며, 신학생들을 입학시킬 시에 신앙보다는 공산주의 사상과 김일성 정권의 협력하는 것을 더 비중을 두어 선발하였다. 이 학교에는 스탈린과 김일성의 사진이 성화처럼 전시되었다.
이북 교회들은 10여 년 전의 신사참배 문제를 놓고 찬반으로 갈라진 것처럼 공산정권 수립에 심각한 분열을 하게 되었고 정치적, 신앙적, 사회적 불이익을 당하면서 그 땅에 남은 자들은 더욱 핍박을 받게 되었다. 이에 많은 기독교인들과 목회자들은 조선기독교도연맹에 가입하였으며 이에 저항한 기독교인들은 신앙의 자유를 찾아 38선을 넘어 이남으로 내려왔고 그들은 곳곳에 흩어져서 교회를 새롭게 개척함으로 이남 지역의 복음화에 크게 기여하였다.