새로 창립된 노회는 먼저 만국장로교공의회에 한국 장로교 노회 창립을 알리기로 했다. 노회는 이 일을 안식년으로 귀국한 선교사들에게 위임했다. 또한 선교사들을 파송해 주고, 노회 설립을 허락해 준 미국 남·북 장로교회와, 캐나다, 호주 장로교회에도 감사 편지를 보낼 것도 가결했다. 초대 선교사로, 그때 미국에 가 있던 언더우드에게 노회 창립을 알리는 일도 결의하여, 선배 선교사에 대한 예절도 잊지 않았다.
“선교 없는 교회는 교회가 아니다.”라는 말에 따라, 새로 설립된 노회는 전도부를 설립하고 전도에 박차를 가하기로 했다. 그 첫 사업으로 7인 목사 중, 이기풍(李箕豐) 목사를 제주도에 파송하였다. 이어 1909년 시작된 백만 명 구령운동의 일환으로 김영제(金永濟) 목사를 북간도에, 김진근(金振瑾) 목사를 서간도에 전도목사로 파송하였다.
1909년 제2회 졸업생 아홉 명이 졸업했을 때도 졸업생 중 최관흘(崔寬屹) 목사를 러시아 령, 블라디보스톡(海蔘威)에 파송하여 선교한 결과, 후에 50여 교회가 설립되어 노회가 창립되었다. 같은 해, 1회 졸업생 한석진 목사를 동경에 파송해, 유학생 상대로 전도하여 많은 성과를 올렸다. 그는 현지 감리교회, 기타 선교부와 협력하여 초교파적 선교를 실시하여 마침내 교회를 설립하였다.
평양 여전도회는 1909년에 이선광(李善光)을 제주도에 파송하여 이기풍 목사를 도와 5년간 전도하게 하였다. 평양 여전도회는 1898년 2월 창립되었다.
창립총회 회록에, “남의게 주는 것이 밧는 것보다 복이 잇다 하엿고 하나님이 모든 신자의게 의탁하야 죄악에 침륜한 자의게 복음을 전하라 하섯스니 이 귀한 책임은 하나님의 명령으로 된 것이라.”하여 전도의 사명을 다짐했다.
1908년에 조직을 완전히 갖춘 여전도회는 회원 1인이 1전씩 연보하여 그것으로 전도인을 파송하였다. 또한 미주 지역 캘리포니아와 멕시코에 사는 동포들을 위해 방화중(方華中) 목사를 파송하였다. 이런 전도 사업에 대해 「장로교회사전휘집」에 “나이 어린 조선 교회로서는 이적(異蹟)스러운 일이라 아니할 수 없다.”고 기록하였다.
노회는 전국을 함경, 평북, 평남, 황해, 경충, 전라, 경상 등 7대리회(代理會)로 구분하여 노회의 위임 사항을 처리하게 하였다. 노회가 구성되자 선교사들의 소속문제가 제기되었는데, 노회는 이 문제를 다음과 같이 규정하였다.
“한국 예수교 장로회와 관계를 가지고 일하는 외국인 선교사들은 한국 노회와 총회의 회원권을 가진다. 그러나 그들의 징계와 임면(任免)은 종전대로 그들을 파송한 모교회와 동 선교부에 속한다. 만약 선교회원 3분의 2 이상의 투표로서 한국 노회나 총회의 회원권을 포기하는 것이 현명하다고 결정할 때에는 교회의 최고 치리기관인 총회에서 교회에 가장 좋을 대로 판정한다.”
이는 선교사들이 한국 노회에서 권리를 확보하면서도 그 징계나 임면은 본국 교회에 유보함으로, 그들이 한국 교회에 완전히 속하지 않겠다는 뜻을 명시해 자기들의 치외법권을 확보했다. 이는 한국에 와 있던 선교사들이 자신들을 한국 목사들과 구별하는 특권의식을 가진 것으로 비판받아 마땅한 대목이다.
한국 선교사들은 산동성에 파송된 후, 바로 중국 교회로 적을 옮기고 중국 교회의 치리를 따랐다. 그러나 선교사들은 한국 교회가 독립하고 노회까지 구성하였으므로 당연히 한국 교회에 적을 옮기고 그 치리에 따라야 함에도 불구하고, 여전히 본국 교회에 적을 갖고 있으면서 한국 교회의 치리를 따르지 않았다.
「조선예수교장로회사기」는 이 점을 매섭게 질타하고 있었다. “……조선야소교장로회 총회가 조직된 후에는 독립하여 하(何)전도국에도 속하지 않은 것은 사실이며 선교사 제군도 역시 자(自)증명하는 바인데 하고(何故)인지 선교사 제군이 자기 노회와 전도국에 이명하지 않고 엄연히 조선 노회와 총회의 회원이 되며 또 회원이 될 시에는 그 회에 속함이 분명한 것인데 하고인지 조선노회와 총회가 치리할 권(權)이 무(無)하다 함으로 차(此)로 유(由)하여 모순이 심하지 아니한가. 차(此)는 무타(無他)가 선교사 제군이 조선 교회를 동인시(同人視)하며 형제시하지 않고 야만시하며 노예시함이다. 선교사 제군이여 성신으로 시작하여 육체로 결국(結局)하려느냐. 속히 회개할지어다. 차(此) 외 개인의 부족은 거론하지 아니하노라.”
선교사들이 한국에 와서 선교한 일에 대한 감사와 칭송은 마땅히 저들에게 돌려야 한다. 그러나 스스로 한국 교인과 동일시하지 않고 치외법권적 특권을 유지하며 조선 교회의 치리 아래 들어오지 않았던 것은 이유가 무엇이었던 간에 위에 기록한 것 같이 한국인을 ‘야만시하거나 노예시’하지는 않았다 하더라도, 일단은 조선 교회를 무시하고 자신들의 특권의식을 유지하려 했다는 점에서 비난받아 마땅하다.
이 점은 단순히 선교사들의 잘못만을 규탄할 일은 아니며, 당시 우리 교회 지도자들의 강경한 요청이 없었던 데도 그 한 이유가 있었다는 점도 아울러 지적하고 넘어 가야 한다.
1907년 독노회가 창립된 이래 교회는 어려움 속에서도 꾸준히 성장했다. 1910년 한일병탄과 1911년 105인사건 등 교회 안팎의 민족사적 수난이 휘몰아쳤지만 교회는 의연히 그 사명을 감당했다. 그동안 전국 교회를 한 노회 안에 관리하던 것을 1911년, 전국 7대리회를 7노회로 조직하고, 총회 창립을 준비하였다.
역사적 창립총회는 1912년 9월 1일 주일, 독(립)노회장 전주의 레널즈(W. D. Reynolds, 李訥瑞) 선교사의 성찬식 집례와 설교로 개막되었다. 준비기도회는 오후에 5천 명 이상 교인이 운집한 가운데 평북 선천의 김석창(金錫昌)의 목사 설교로 진행되었다.
장로회 총회가 조직된 1912년은 한국에 첫 선교사 알렌 의사가 도착한 1884년으로부터 꼭 28년이 되는 해로 불과 한 세대(30년)이 되기도 전에 총회가 조직된 세계 선교 사상 초유의 뜻깊은 해가 되었다. 총회 조직은 교회의 완전 독립을 의미하는 것으로 이제 선교사 시대를 마감하고, 한국교회가 주도적으로 교회를 이끌고 가는 장엄한 첫 출발을 의미한다.
