비영리단체의 설립절차는 영리단체와 비교하여 상대적으로 까다롭고 최종허가를 받기까지 걸리는 시간이 상당히 길다. 대부분 비영리단체의 설립목적은 종교, 교육, 의료 연구기관, 각종 자선단체, 그리고 사회복지기관 등 다양하며, 해당 법인이나 그에 속한 개인의 영리추구가 아닌 사회 전반의 공익을 위하여 존재한다. 그렇다면 오히려 개인의 영리를 추구하는 영리단체보다 더 간소하고 신속하게 허가가 주어져야 하지 않을까 하는 논리가 앞선다.

하지만, 실제로 비영리단체의 설립과정이 더욱 까다롭고 오래 걸리는 이유는 무엇일까. 이러한 이유를 연방국세청의 측면에서 보면 이해가 쉬워진다. 일반적으로 비영리단체는 해당 단체의 설립목적에 따라 활동자금관련 수익과 비용을 설립목적에 부합하여 사용하기만 하면 남은 순이익금에 대하여 소득세를 납부할 의무가 없다. 그리고 일부 비영리 단체는 와싱턴주의 경우 주 정부에서 부과하는 부동산세금 납부의무로부터도 면제혜택을 받는다.

반면에 영리단체는 모든 수입과 지출을 지정된 마감일까지 투명하게 보고하여 그 결과에 따르는 순수익이 있을 경우에 철저히 정해진 세율에 따라 소득세를 납부하여야 한다. 그러므로 연방국세청으로서는 세금부과대상이 아닌 단체에 허가인증을 내주어야 하기에 설립목적에 대하여 까다로운 검토를 함과 동시에 절차 자체를 신속하게 진행하지 않는다.

설립절차는 주 정부 설립허가 후 연방정부 설립절차 진행의 2단계로 나누어진다. 우선 비영리단체가 속한 주 정부 산하 법무 기관인 Secretary of State 에 먼저 비영리단체등록을 마친 후에 연방정부인 국세청에 비영리단체 설립허가 절차를 밟아야 한다. 각 정부기관절차는 아래와 같은 내용의 문서들을 각기관에 신청서류로 제출하여야 한다.

1단계 설립절차 (주 정부)

1)Article of Incorporation 을 각주의 Secretary of State 에 제출하여 주에서 지정한 비영리 단체 고유번호를 받음으로써 비영리법인단체 등록을 완료한다.

2)Master License Application은 고용을 통한 급여가 있거나, 비영리단체 산하의 수익창출을 목적으로한 영리활동 개체가 있을 때 신청한다. (예를 들어, 도서점, 커피점, 병원 내의 선물점… 등)

2단계 설립절차 (연방 정부)

1)연방 국세청으로부터 EIN (Employer Identification Number) 를 발급받는다.

2)Form 1023 “Application for Recognition of Exemption Under Section 501 (c) (3) of the internal Revenue Code” (비영리단체허가 신청서) 와 더불어 이하의 서류를 첨부하여야 함.

3)Form 2848, Power of Attorney (권한대행인 위임장)

4)Article of Incorporation (법인정관, 주 정부에 신청할 때 등록하였던 서류와 동일)

5)Bylaws, (법인 내부규례 및 세칙)

6)User Fee (등록 수수료: 추정에 의하여 년 수입이 처음 4년동안 $10,000 넘으면 $850, 이하일 경우는 $400을 등록비로 지급하여야 함.)

7)기타 증빙서류 첨부

등록대행인은 비영리단체 등록서류를 우송한 후에 통상 21일 안에 연방국세청으로부터 신청서류접수 확인통지를 우편을 통하여 확인받게 된다. 통상 접수확인 서신을 받은 이후 담당관이 정하여지기까지 3개월 이상 소요된다.

지정 담당관은 제출한 신청서류를 검토한 후 미비하거나 보충서류가 필요한 경우에 추가로 서신을 통하여 수속 대리인에게 요구하게 된다. 이러한 추가서류준비과정과 인준과정이 얼마나 신속하게 진행되느냐에 따라 최소 6개월에서 1년 사이에 최종인준이 나는 것이 일반적이다. 긴 등록절차를 거쳐서 최종인준이 나면 비영리단체로서 누릴 수 있는 비과세 혜택이 기다리고 있지만, 해당단체의 설립취지와 목적에 부합하는 활동과 그에 따른 잉여수익을 보고양식 Form 990 (Form 990N, 총수입이 $25,000 이하인 경우) 을 통하여 회계연도 마감 이후 그다음 해 5월15일까지 연방국세청에 보고하여야 한다.

만약 3년 동안 이러한 보고규정을 준수하지 않은 경우 임의로 비영리법인의 자격이 박탈될 수 있다는 사실에 주의하여야 한다.