초기 한국교회 사회개혁 활동 중 중요한 한 가지는 제사폐지 문제였다. 조상 제사문제는 로마 가톨릭 편에서 본 바와 같이 한국 사회에 뿌리 깊게 내려오는 전통으로서, 수많은 사람들이 이 문제 때문에 피 흘리고 순교한 사실을 기억하고 있다. 개신교회도 이 문제에 있어서는 우상을 숭배해서는 안 된다고 하는 교리적인 면뿐만 아니라 사회 개혁의 측면에서도 강력하게 계도해 나갔다. 교회는 이것의 철폐를 위해 힘썼는데, 이는 효도하는 일에 대한 제재가 아니고 우상숭배적 요인을 제거하고 이의 폐해를 없애려는 노력의 일환이었다.
「그리스도 신문」은 그 폐해에 대해 이렇게 쓰고 있다. “제사하는 일이 헛될 뿐 아니라 이로 말미암아 허다한 폐단이 불소하니 시간을 허비하므로 일에 방해될 뿐 아니라 힘을 낭비하며 재력을 모손하고… 또 자손이 업는 사람들은 곧 첩을 얻나니 이는 더욱이 그릇하는 일이라 집을 망하는 화근인 줄을 아지 못하는도다.…… 만일 허비하는 재물로 나라 일을 위하야 행할 지경이면 그 젼진할 일이 한량이 업을 거시여늘 이에 사람을 교육하는 일은 생각지 아니하고 마음을 우상 섬기는 대 젼력하는 거시 엇지 그릇함이 아니리오 또한 허망할 뿐 아니라 하나님의 금하시는 일을 행함으로 그 조상을 하나님과 같이 높이고 영화를 그 조상에게 돌리는 거시 또한 참람한 죄가 아니뇨.”
따라서 조상제사는 유교가 중시한 효도 문제와 분리해서, 우상숭배 문제로 접근했던 것이다. 제사 금지의 이유는 위 글에서 보 듯, 먼저 시간 낭비, 일부다체제 조장, 재물 손해, 우상숭배라는 여러 이유로 금지했다. 이 문제는 가정에서 여러 가지 어려움이 제기됐고, 처음 신앙하는 사람들에게 많은 거침돌이 됐으나 교회는 단호히 이 문제에 대처했다. 이런 전통은 오늘까지 이어져 내려오고 있다. 그런데 근자, 일부 교회 지도자들 간에 제사를 허용해야 된다는 이야기를 하는 사람들이 있으나 이는 여갓의 교훈을 무시하는 한심한 태도라 여겨진다.
교회는 또한 조상 제사의 폐해뿐만 아니라 한국인들의 음담패설하는 습성도 지적되고 있다. “지금 우리나라 사람들이 가장 먼져 곳칠 일은 음담패설이니 상하 등 물론하고 사람 모힌 곳에 항상 더럽고 음란한 말이 란만하야 서로 붓그러운줄도 모르고 쳬모도 도라보지 아니하며 소위 맹셰한다는 욕설을 드르면 입에 담을 수 업고 귀에 듯기 병될 말이라…… 하등인의 저의끼리 수작할 때에 말이 한마대면 욕설이 두세 번식 드러가는 때가 만코…… 길에 혹 녀인이 지나가면 손가락질하고 웃는 거시 례사로 알아 쳔한 계집은 그리하여도 관계치 안타 하야 경찰관리가 보아도 금하지 아니하니 례의 디방이라 자칭하는 나라에서 엇지 외국인을 대하기에 수치되지 아니하리오. 풍속이 차차 변하면 사람의 톄통이 자연 졈잖아지고 나라 디톄가 따라 놉하질이로다.”
기독교인이 되면 믿기 전의 이런 폐습을 버리고 새로운 사람으로 거듭남을 강조했다.
이상에서 지적한 것들은 한국 사회에 만연된 폐습으로 반드시 개혁되어야 할 중요 사안들이었다. 이런 폐습들이 하루아침에 해결될 성질의 것은 아니었지만 교회는 꾸준히 이러한 일들에 진력함으로써 시간이 지나면서 많은 성과를 거두었다.
