내란예비음모 혐의로 이석기 통합진보당 의원 등이 사무실과 자택에 대한 압수수색을 당하고 체포영장이 발부된 것에 대해, 교계 인사들은 대체적으로 환영의 입장을 나타내면서도 지나친 '색깔론'에 대한 주의를 당부했다.

북한인권한국교회연합 서경석 사무총장은 "그들이 내란예비음모죄가 성립되느냐 여부는 사법 당국에 맡겨진 법률적 문제라 생각한다"면서도 "이석기는 대표적인 종북좌파의 상징 같은 인물로, 말하자면 우리 사회가 진작 정리하는 것이 마땅했는데 이제서야 하게 된 점에서 늦었지만 크게 환영한다"고 밝혔다.

서 사무총장은 "다만 인권에 침해가 있었는지가 문제 될 수 있는데, 우리나라는 어떤 면에서 인권이 과도하게 보호되고 있는 나라이기 때문에 인권 침해가 있으리라고는 생각하지 않는다"며 "당국에서 이미 3년간 내사를 하고 준비해서 한 일이라 생각하기 때문"이라고 전했다. 그는 "정부가 종북좌파에 대해 단호하게 청산해야 한다는 국민의 염원에 부응해준 것에 크게 환영한다"고 덧붙였다.

'종북좌파 척결운동'에 앞장서 온 청교도영성훈련원장 전광훈 목사는 "우리가 역사를 공부하는 이유는 같은 일이 일어났을 때 실수를 하지 않기 위해서라면, 대한민국 건국 당시 1945년부터 3년간 어떠한 일이 있었는지를 기억해야 한다"며 "당시 유일했던, 하나님께서 보내주신 이승만이라는 지도자가 없었다면 대한민국은 태어날 수도, 지금까지 존재할 수도 없었는데, 그가 오늘날보다 훨씬 더 이념적으로 극심했던 상황에서 어떻게 박헌영과 남로당을 해체시키고 대한민국을 세웠는지 이 시대는 정확히 알아야 한다"고 지적했다.

전 목사는 "그러한 측면에서 지금 통합진보당과 이석기 사태는 당연히 우리나라 건국 정신을 적용하여 일찍이 처단됐어야 했고, 우리는 이를 대한민국을 새롭게 정돈할 전화위복의 기회로 삼아야 한다"며 "박근혜 정부와 국정원·검찰 등 당국은 절대로 직무유기하지 말고, 이번 기회에 국민과 역사 앞에 소임을 다하여 최소한 애국가와 국민의례를 거부하는 집단이나 개인 만큼은 강력한 형사처벌을 해서라도, 아니면 이승만 대통령처럼 북한으로 아예 보내버리더라도 분명히 해야 할 것"이라고 강조했다.

그는 "일부 언론과 정당에서 이를 신(新) 공안 정국 내지 하나의 매카시즘처럼 왜곡과 변질을 일삼는데, 이는 '매카시즘'이라는 용어조차 제대로 이해하지 못한, 종북주의자들의 국민 기만행위"라며 "이번에는 정치권 일부 진보 단체들도 종북으로부터 완전히 구별되고, 민주당 내 종북주의자들도 청산하여 그들도 수권할 수 있는 수준으로 만드는 것도 필요하다"고 제언했다.

한국교회에 대해서는 "이러한 위기 상황에서 하나님 말씀인 성경을 바탕으로, 국가를 세운 역사관을 올바로 간파해 시대적 사명을 다해야 할 것"이라고 말했다. WCC 반대운동이 이러한 활동의 일환이라고도 했다. 전 목사는 "전국 도시를 돌면서 WCC 반대 서명 집회를 진행하고 있는데, 열기가 뜨겁고 사람들이 몰려오고 있다"며 "WCC가 공산주의 편에 서서 활동해 온 만큼, 같은 맥락의 활동"이라고 전했다.