김일성은 6.25 남침 전쟁에서 실패한 후 자신의 공산 정권을 더욱 확고하게 하기 위해 1958년부터 북한을 사회주의화하기 위한 전면적 사상 교육을 전개하였다. 전쟁이 53년 끝난 후에는 전 국토가 초토화된 산업 시설과 주거 환경을 재건하는 일에 전념하였고 그 후 복구 작업이 거의 완료되자, 전쟁에 대한 그 후유증과 그에 대한 책임 문제를 사상교육과 기독교의 잔재를 제거하는 데에 통치력을 집중화하였다. 김일성 정권은 매우 불안전하였다.
1948년 9월 9일 '조선민주주의인민공화국'이 건국되었지만, 그 정권은 사실상 소련의 군정(레베데프, 스티코프, 로만넨코 소장 등)에 의해 인민위원회(국회)가 만들어지고 헌법과 정부의 구성도 모두 소련 군정에 의해 조각된 것이었으며, 6.25 전쟁의 작전 계획 작성과 무기 체제도 모두 이들에 의해 만들어 진 것이었다. 김일성 자신도 저들에 의해 타율적으로 세워진 것이었기에 김일성은 사실상 국정 운영에 경험이 전무하였기에 소련의 군정이 없어진 후에는 자주적으로 국가를 이끌어가야 했다.
김일성은 북한을 견고한 사회주의 국가로 재탄생시키기 위해 인민들에게 사회주의를 가르쳤으며 모든 주민들을 그들이 구상한 새로운 사회주의를 구축하는 데에 참여시켰다. 당시 북한 당국이 어떻게 기독교인들을 감시하고 박해하였는지가 종전 후 월남한 귀순자에 의해 밝혀졌다.
첫째, 종교인과 비종교인의 차별 정책이었다. 모든 인민은 신분증명서에 종교를 명기했고, 종교인은 공직자에서 추방되거나 차별을 받아야 했다.
둘째, 소위 사상 교양 사업의 하나로 어디에서나 반종교 선전을 전개하는 한편, 일요일 예배 시간을 대신하여 회의나 강습회를 열었다.
셋째, 종교인들을 색출하기 위해 어린이를 중심으로 신고 체제를 만들어 성직자들을 감시하며 활동을 제한하였다.
넷째, 일요일에 작업 기준량을 정해 주어 노동을 강요하는 방법으로 예배 같은 종교 의식을 거행하지 못하도록 만들었다.
북한교회 역사상 6.25 전쟁 이후부터 1972년까지 기독교인들에게 핍박이 가장 심한 시기였다. 이 시기의 교회 핍박 사례는 대부분 귀순자들에 의해 증언되어 공개된 것이다. 그 가운데 가장 대표적 지하교회의 사례가 1969년 공개된 이만화 목사 사건이었다. 그는 평안북도 용천군 양시의 농장에서 일하고 있었다. 그는 자신의 신분을 감추고 당과 농장 기업소에 충실하게 일하였다. 그러나 실제 그는 10개의 협동농장에서 500개 이상의 모임을 형성했고, 그 모임의 전체성도 수는 약 2천여 명이었다. 그룹당 5명 이상을 초과하지 않게 했다. 이들은 산속이나 동굴 혹은 쉽게 눈에 띄지 않는 곳에서 비밀리에 만나 모임을 가졌다.
1957년 8월 27일 최고인민회의 제 2기 대의원 선거가 있었다. 이만화 목사는 기독교인들에게 투표에 참여하지 말라고 했다. 그들은 투표용지를 흰색 혹은 검은색 투표 상자에 넣지 않고 상자 밖으로 떨어뜨렸다. 결국 투표에 2천여 명이 기권한 것으로 드러나자, 보안사무국은 조사에 들어갔고 그 결과 이만화 목사가 주도한 것으로 드러나, 1958년에 36명의 지하교회 지도자들이 처형당하였고 나머지 성도들은 노동 수용소나 탄광지대로 보내졌다.
1975년에도 지하교회 조직을 이끌던 어느 목사는 평양 주변에서 은신하며 지하교회 성도들과 신앙 활동을 하다 체포되어 주민들이 모인 앞에서 장작불에 올려져 화형을 당하였다. 조사 당국에서는 주민들에게 그를 보호해 줄 수 없는 하나님을 믿는 비과학적 행동임을 보여 주기 위해 그런 처형을 집행한 것이었다.
1958년 5월 노동당은 "어떤 형태의 반혁명주의자들과도 대항하여 싸울 것"이라고 선언했고, 1958년 8월에는 지식인 제거라고 하는 '인텔리 개조 운동'을 시작했다. 북한 공산 정권은 그들이 말하는 소위 '공산주의 낙원'을 거부하거나 아예 동조하지 않는 지식인들을 제거했으며, 1958년 11월 노동당은 그리스도인들을 표적으로 결정하고 그들을 색출, 억압하기 시작했다. 핍박이 점점 거세지면서 그리스도인들은 체포와 동시에 약식 인민재판만 받고 대부분 공개 처형되었다. 그 예로서 1960년 8월 17일 8명의 기독교인이 해주에서 재판 없이 공개 처형되었다.
1966년 4월부터 1967년 3월까지 김일성 정권은 모든 주민들의 거주지 등록을 완료하고 모든 사람들을 51개의 신분으로 세분화하였다. 미신을 믿는 사람은 29번, 그리스도인들은 37번, 불교인들은 38번으로 분류하여 특별 감시 대상으로 지정하였다. 이 같은 개인 분류 번호는 당사자에게 노출되지 않았고, 가족별로 기록이 영구적으로 보존되었다.
북한은 전 주민을 분류하면서 모든 사람들은 평등하다는 공산주의의 사상과 는 모순되는 것으로서 이는 인도의 수 천 년의 종교적 폐습인 카스트 제도와 유사한 체제를 세운 것이었다. 그러한 폐쇄적이며 반인륜적인 정책이 지금도 지속되는 가운데 북한 동포는 70여년에 걸쳐 압정에 신음하고 있다.
